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ジデオキシ法

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  • 塩基配列を決定したい DNA を鋳型として,それに相補的な鎖を合成する反応を利用する。
  • 塩基配列決定のための DNA 合成反応では,基質となる dNTP に一定の割合でジデオキシ

リボヌクレオシド三リン 酸(ddNTP)を混ぜて合成反応を行います。 ddNTP には 3' 末端に
OH 基がないため,鎖の伸長がそこで止まってしまうという質を利用する。

  • この反応により、様々な長DNA断片ができる。4種類のddNTPに異なる蛍光色素をあらかじめつけておく(共有結合)ことで、新たに合成れて ddNTP で伸長が止まった鎖が蛍光色素で標識できる。この断片をアクリルアミドゲルで泳動しながらレーザーを照射して蛍光を検出し、コンピュータで自動解析すれば、末端のddNTPと、その位置がわかるので、塩基配列を決定することができる。
  • 昔は縦1mもあるような巨大なゲルで行なっていたが、いまでは特殊ポリマーを充填した細い管(キャピラリー)の中をサンプルが電気泳動することで、大きなゲルを作る手間がいらず,多数のサンプルを自動的に処理できる。

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