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構造も機能も複数回膜貫通型タンパクに似ている。輸送サイクルの間に輸送体自体がリン酸化される。膜を挟んだNa,K,H,Ca勾配を形成・維持するイオンポンプの多くが含まれる。
さまざまなサブユニットからなるタービンのような構造のタンパク質である。細菌の細胞膜、ミトコンドリアの内膜、葉緑体のチラコイド膜にみられる。F型ATPアーゼの多くはATP合成酵素と呼ばれる。V型ATPアーゼは、F型によくにているが、ATPを合成せず、リソソームやシナプス小胞、植物の液胞といった細胞小器官にHを送り込み、小器官内を酸性にする。
小分子を細胞膜を横切って輸送するもので、イオンだけを輸送するP,F,V型ATPaseとは異なる。
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