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細胞情報論Ⅰ(月4)

アミノ酸

20種の構造、名前、性質(解離定数)

アミノ酸：L-アミノ酸(RとHが逆ならD-アミノ酸)

NH2
Ⅰ
R-Cα-H
　 Ⅰ
COOH

※Cα=不斉炭素

解離定数
酸と塩基

RH⇆R-＋H+

解離定数: Ka=[R-][H+]/[RH]

logKa=log([R-]/[RH])+log[H+]
-pKa=log([R-]/[RH])-pH 　　※p=-log
∴pH=pKa+log([R-]/[RH])
※pH=pKaのとき、解離基の半分が解離している。

タンパク質の等電点：タンパク質全体の正、負の電荷が等しくなった点
N末端：Asp,Glu,His
C末端：Lys,Arg

計算によって予測可能

タンパク質の精製手法
分子ふるいカラム
イオン交換カラム:タンパク質の等電点の違いにより分離する。

　　カチオン:+チャージのタンパク質が吸着
アニオン:-チャージのタンパク質が吸着

タンパク質の構造

構造形成
静電気的相互作用:[Lys,Arg]と[Glu,Asp]
水素結合
疎水的相互作用:脂肪族アミノ酸、芳香族アミノ酸のパッキング

1次構造:アミノ酸配列
2次構造:ポリペプチド鎖(β sheet、α helix→Ca2+結合モチーフ、DNA結合モチーフ)、モジュール構造

3次構造:Subunit
4次構造:Subunitの空間配置

構造解析手法
分子量測定

　ゲルろ過クロマトグラフィー：分子ふるい。細孔のあるゲルを用いる。大きい分子は細孔に入らないので速く流れるが、小さい分子は細孔に入るので遅く流れる。
　SDS-PAGE：SDSにより、タンパク質を変性、単位長さあたりの電荷を一定にする。アクリルアミドなどのゲルを用いて電気泳動することで分子量を見分ける。