分子生物学／生体情報論の履歴
2010夏学期、火曜2限 太田先生
内容
１．DNA・核酸の構造と性質とゲノムDNAの解析手法
２．DNA複製
３．DNA修復、組換え
４．染色体の構造と機能
５．細胞核の構造と機能
６．真核生物の遺伝子発現抑制
７．ヒストンバリエント・ヒストンシャペロン
８．ヒストン修飾とエピゲノム、X染色体不活性化
９．DNAメチル化・インプリンティング
１０．クロマチンモデリング
１１．DNA代謝と細胞周期チェックポイント
１２．遺伝子恒常性の破綻とガン・老化などの疾患との関係
過去問：2009
問１ Z型DNAとB型DNAの構造について説明せよ。
問２ DNA複製について
(1)DNAポリメラーゼによるDNA複製反応とRNAポリメラーゼによる転写伸張反応の違いを２つ挙げ、説明せよ。
(2)テロメラーゼによるテロメア部分のDNA合成の仕組みを説明せよ。その際、なぜテロメラーゼが必要とされるか、DNAポリメラーゼの特徴を踏まえて説明せよ。
(3)大腸菌のDNAポリメラーゼを用いてDNA合成を行うとき、1秒間で合成可能なDNA鎖の長さ(ヌクレオチド数)は下記のうちどれがもっとも適当か。
1,10,100,1000,10000
問３ 下記の遺伝子疾患と最も関連の深い用語を下記の語群から選んで記せ。
問４ 組換えについて。
(1)下記の現象は相同組換え、非相同組換え、部位特異的組換えのどれに属するか。
(2)減数分裂期の遺伝的組換えが頻発する部位のことをなんと呼ぶか。また組換えに先立ってその部位で生じるDNAの変化と、その変化をもたらす真核生物に広く保存された酵素の名前を答えよ。
(3)相同組換えのさいに生じる中間体のうち、X型の構造をなんと呼ぶか？
(4)相同組換えの様式には、コピー・ペースト型の遺伝子変換と、もう一種類遺伝子群の交互入れ替えを伴うものがある。後者のことをなんと呼ぶか。
問５ クロマチン構造とヒストン修飾について
(1)下図はヒストンH3のN末端テール部分の化学修飾パターンを示した物である。それぞれのパターンの化学修飾をもつヒストンを多く含む染色体領域で、どのような効果が認められるか。
遺伝子発現活性、遺伝子発現抑制、ヘテロクロマチン形成、X染色体不活性化
K9のメチル化、K4のメチル化とK9のアセチル化、S10のリン酸化とK14のアセチル化、K27のメチル化
(2)上記のように、ヒストンの修飾パターンによって、染色体の一部の活動度が制御されるとする仮説をなんというか。
(3)ヒストンの修飾パターンを読み解くタンパク質を総称してなんとよぶか。また、メチル化ヒストンに結合するタンパク質ドメイン、アセチル化ヒストンに結合するタンパク質ドメインの名称を答えよ。
(4)ヒストン修飾によって制御される高次生命機能の例を一つあげ、簡単に解説せよ。
問６ 今回の授業の感想等
１．DNA・核酸の構造と性質とゲノムDNAの解析手法
- DNA：デオキシリボヌクレオチド
リン酸＋五炭糖＋塩基(ATGC)
- RNA：リボヌクレオチド
- ヌクレオチドの重合：リン酸ジエステル結合
※リン酸は負に帯電しているので水に溶ける
- シャルガフ則：A:T=G:C=1:1
- A-T水素結合2つ、G-C水素結合3つ
- DNAの構造
A型:脱水状態
B型:生体内の普通の状態
Z型:ある種の配列のとき(生体内に存在するかは不明)
？プロペラツイスト
- DNAの高次構造
１：三重鎖構造＝B-DNA中のプリン塩基と第３の一本鎖DNAのピリミジン塩基間の塩基対形成。(CG-C,TA:T,TA:A,CG:G)
ワトソン・クリック塩基対＋フーグスティン塩基対が加わる
↓
シュードノット構造(偽の結び目)←RNAでは重要
２：四重鎖DNA
GC-RICH配列に出やすい。
染色体末端にあるテロメアはGC-RICHなので、この構造が多くありそう。
３：湾曲DNA：タンパク質が湾曲した部分と結合する。
４：十字型DNA：パリンドローム、回文配列
輪ができる→DNAが組換えを起こしたり、DNA複製が止まったりする。ちなみに、制限酵素は回文配列を切断している。
５：Holliday Junction：組換えの中間体
- annealing:アニーリング
◆加熱して二本鎖から一本鎖へ分離させたDNAを冷やして相補鎖を対合させる処理
GC-rich：tmが高い
AT-rich：tmが低い
tm=41.1(GC含有量%)+16.6log[Na+]+81.5
