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細胞情報論Ⅰ(月4)

アミノ酸

20種の構造、名前、質(解離定数)


NH2

R--H
  Ⅰ
COOH

=不斉炭素

  • 解離定数
  • 酸と塩基

RH⇆R-+H+

  • 解離定数: Ka=[R-][H+]/[RH]

logKa=log([R-]/[RH])+log[H+]
-pKa=log([R-]/[RH])-pH   ※p=-log
∴pH=pKa+log([R-]/[RH])
※pH=pKaのとき、解離基の半分が解離している。

  カチオン:+チャージのタンパク質が吸着
アニオン:-チャージのタンパク質が吸着

  • pH<等電→+チャージを持つ

タンパク質の構造


  • 3次構造:Subunit
  • 4次構造:Subunitの空間配置

 ゲルろ過クロマトグラフィー:分子ふるい。細孔のあるゲルを用いる。大きい分子は細孔に入らないので速く流れるが、小い分子は細孔に入るので遅く流れる。
 SDS-PAGE:SDSにより、タンパク質を変単位あたりの電荷を一定にする。アクリルアミドなどのゲルを用いて電気泳動することで分子を見分ける。

 エドマン分解
 ペプチターゼによるペプチド結合の特異的切断
 →特定のアミノ酸残基の修飾やアミノ酸の変異を解析
 →質分析により解析

 ESI
 MALDI
 FAB
 
→エドマン法で5残基くらいを読んだ後、質解析
→blastでタンパク質を同定

 円二色性(円偏光二色性)

  • hydropathy:疎水

 X-ray構造解析

タンパク質の機能

タンパク質の相互作用

変異タンパク質の作製手法

タンパク質の発現制御

ヘモグロビン(おまけ)

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