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細胞情報論Ⅰ(月4)
アミノ酸
20種の構造、名前、性質(解離定数)
- 解離定数
- 酸と塩基
RH⇆R-+H+
- 解離定数: Ka=[R-][H+]/[RH]
logKa=log([R-]/[RH])+log[H+]
-pKa=log([R-]/[RH])-pH ※p=-log
∴pH=pKa+log([R-]/[RH])
※pH=pKaのとき、解離基の半分が解離している。
カチオン:+チャージのタンパク質が吸着
アニオン:-チャージのタンパク質が吸着
- pH<等電点→+チャージを持つ
タンパク質の構造
- 3次構造:Subunit
- 4次構造:Subunitの空間配置
ゲルろ過クロマトグラフィー:分子ふるい。細孔のあるゲルを用いる。大きい分子は細孔に入らないので速く流れるが、小さい分子は細孔に入るので遅く流れる。
SDS-PAGE:SDSにより、タンパク質を変性、単位長さあたりの電荷を一定にする。アクリルアミドなどのゲルを用いて電気泳動することで分子量を見分ける。
- 1次構造解析
エドマン分解
ペプチターゼによるペプチド結合の特異的切断
→特定のアミノ酸残基の修飾やアミノ酸の変異を解析
→質量分析により解析
ESI
MALDI
FAB
→エドマン法で5残基くらいを読んだ後、質量解析
→blastでタンパク質を同定
- 2次構造解析
- hydropathy:疎水性
- 3次構造解析
タンパク質の機能
- 触媒:酵素反応、阻害剤解析
- ミカエリス-メンテンの式の導出
- no.3、酵素反応応用編参照
タンパク質の相互作用
- Yeast Two Hybrid Screening
- Phage display
- GST pull down
- Far Western
- Surface plasmon resonance
- FRET
- 蛍光偏光法
- Fluorescence polarization
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